FT8で2つのVFOを使ってスプリット運用すると内蔵アンテナチューナ―がうまく動作しない症状について、八重洲無線のカスタマサポートに問い合わせをしていましたが、以下の趣旨の回答をいただきました。
・仕様であり無線機の不具合ではない
・SPLITでチューナーを使用する場合、送信側のVFOでチューナーをオンにする必要がある
・FT-991/Aのチューナーは送信でのみ有効
すなわちJTDXでリグスプリット設定すると、受信はVFO-A、送信はVFO-Bとなりますが、受信状態でTUNEボタンを押してチューナーをONしてもそれはVFO-A用にチューナーがONするということであって、送信時にVFO-Bに切り替わると、そもそもVFO-BではTUNEされていないのでチューナーは働かないということと理解しました。
VFO-AとVFO-Bを両方TUNEしておけば良さそうですが、もっと簡単な方法でできないか試行錯誤するしかなさそうですね。でもTUNEが必要なHFハイバンドは最近あまり使わなくなったので、例によって気が向いたら・・・ということになりそうです。